Do là một bệnh hệ thống, lupus có biểu hiện hầu hết các cơ quan. Đồng thời, các triệu chứng của lupus ban đỏ hệ thống có thể xuất hiện đột ngột hoặc từ từ sau nhiều tháng, nhiều năm.

• Da: Đây là triệu chứng thường dễ nhận thấy nhất. Có đến 3/4 số bệnh nhân tự thấy các ban đỏ nổi bất thường trên da. Trong đó, hồng ban có dạng hình cánh bướm ở mặt là một dấu hiệu rất đặc trưng của lupus. Ngoài ra, thương tổn trên da còn gặp ở những vùng hở khác như cổ, bàn tay,… Các tổn thương này nhìn chung rất nhạy cảm với ánh nắng. Nếu tiến triển lâu dài, sang thương có thể bị teo đi ở phần giữa, do đó, còn gọi là “Hồng ban dạng đĩa”. Một số thương tổn có thể quá sản phì đại. Bên cạnh đó, tổn thương da do lupus còn có dạng các bọng nước, dát xuất huyết. Niêm mạc trong miệng, vùng hầu họng dễ lở loét nhưng không đau. Tóc vàng, dễ gãy và rụng nhiều.
• Tim: bệnh nhân có thể biểu hiện đau ngực, khó thở giống viêm cơ tim, màng tim. Đôi khi bệnh đã diễn tiến nặng, gây suy tim.
• Phổi: Triệu chứng của viêm phổi, viêm màng phổi cũng hay gặp và có thể suy hô hấp.
• Khớp: Viêm khớp là một biểu hiện rất hay gặp, làm cho bệnh nhân khó vận động và đi lại.
• Máu: Đa số người bệnh đều có thiếu máu từ mức độ nhẹ đến nặng với biểu hiện da xanh, niêm nhạt, môi tái, hạn chế khả năng gắng sức. Xét nghiệm huyết đồ thấy có thể giảm cả ba dòng tế bào máu: Hồng cầu, bạch cầu và tiểu cầu.
• Thận: Viêm thận do lupus là một chẩn đoán thường gặp trong nhóm bệnh lý viêm thận tự miễn. Người bệnh đến khám có thể do tiểu đục, tiểu máu, phù toàn thân, tăng huyết áp. Xét nghiệm nước tiểu thấy bất thường và đôi khi có thể cần xác chẩn bằng sinh thiết thận.
• Tâm thần kinh: Một số bệnh nhân có biểu hiện rối loạn phương hướng, giảm tri giác, mất trí nhớ. Đôi khi có đau đầu dữ dội hay co giật toàn thân. Các triệu chứng tâm thần kinh có thể nặng thêm trong trường hợp dùng corticoid liều cao và kéo dài.

Ngoài ra, thực tế trên lâm sàng, phần lớn các bệnh nhân đến khám vì các biểu hiện không đặc hiệu như sút cân, mệt mỏi, chán ăn, sốt nhẹ âm ỉ, rụng tóc, viêm loét miệng kéo dài, đau các khớp nhỏ. Thậm chí nhiều trường hợp chỉ vì bị đau mỏi cơ, rối loạn kinh nguyệt.

Các triệu chứng của lupus thường diễn biến thành những đợt cấp tính, xen kẽ giữa những thời gian lui bệnh. Trong giai đoạn đầu của bệnh, các triệu chứng thường mơ hồ giống với nhiều bệnh lý khác cho nên kể từ lúc có những triệu chứng đầu tiên cho đến khi xác chẩn được bệnh thì có thể đã chậm trễ vài năm.