Việc tổ chức, cá nhân đăng ký kê khai nộp thuế chuyển quyền sử dụng đất, tiền sử dụng đất và lệ phí trước bạ là trách nhiệm và nghĩa vụ đối với Nhà nước; đồng thời cũng mang lại quyền lợi cụ thể đó là: Nhà nước công nhận quyền sở hữu, quyền sử dụng hợp pháp tài sản của mình.
Nhà nước quy định chính sách thu các khoản thu đối với các tài sản: Nhà, đất, xe ô tô, xe máy… một mặt tăng cường sự quản lý hành chính, mặt khác góp phần tạo thêm nguồn thu ổn định cho NSNN. Mỗi tài sản, mỗi tính chất công việc đều được quy định một chính sách thu phù hợp; song không phải mỗi một loại tài sản khi đăng ký, kê khai nộp đầy đủ các khoản thu là được cơ quan quản lý Nhà nước xét cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu, quyền sử dụng. Chính vì lẽ đó bên cạnh Nhà nước quy định chính sách thu còn quy định thêm chính sách hoàn trả các khoản thu đã nộp NSNN; nhằm mục đích chi hoàn trả cho các tổ chức, cá nhân (gọi chung là đối tượng nộp) đã nộp các khoản thu như: Tiền sử dụng đất, thuế chuyển quyền sử dụng đất, lệ phí trước bạ… nhưng nộp thừa, thu sai hoặc nộp nhưng không được cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu, quyền sử dụng vì lý do nào đó v.v. Tại Thông tư số 68/2001/TT-BTC ngày 24/8/2001 của Bộ Tài chính hướng dẫn hoàn trả các khoản thu đã nộp ngân sách Nhà nước chỉ quy định chung về quy trình, thủ tục hoàn trả, chứ không nêu cụ thể trường hợp như thế nào thì được hoàn trả;
Tại tiết d, điểm 1, mục III Thông tư số 28/2000/TT-BTC ngày 18/4/2000 của Bộ Tài chính có quy định “Đối với khoản lệ phí trước bạ, tiền phạt thu không đúng quy định đã được tập trung vào NSNN thì cơ quan thuế có trách nhiệm đề nghị cơ quan Tài chính ra lệnh hoàn trả…” với quy định như trên trong thực tế hiện nay có những trường hợp xảy ra như sau: Ví dụ ông A mua 01 chiếc xe máy đăng ký, kê khai nộp lệ phí trước bạ tại cơ quan thuế thu đúng theo chính sách thu lệ phí trước bạ, nhưng vì không có hộ khẩu tại thị xã nên không được cơ quan công an cấp giấy đăng ký tại thị xã hoặc ông A chưa có giấy phéplái xe cũng không được cơ quan Công an cấp giấy đăng ký xe… như vậy khi ông A trả lại xe cho người bán và làm đơn đề nghị cơ quan Thuế thoái lại tiền trước bạ đã nộp; trường hợp này có ý kiến cho rằng không thoái được vì theo quy định trên thì cơ quan thuế thu đúng, việc được cấp giấy chứng nhận hay không là do quy định thủ tục của Công an; còn ý kiến cho rằng trường hợp này coi như thu không đúng nên thoái lại tiền LPTB.
Nghị định 38/2000/NĐ-CP ngày 23/8/2000 của Chính phủ về thu tiền sử dụng đất và Thông tư hướng dẫn số 115/2000/TT-BTC ngày 11/12/2000 của Bộ Tài chính lại không đề cập đến vấn đề thu không đúng quy định phải hoàn trả lại người nộp; như vậy có trường hợp ông B được cơ quan Nhà nước giao 1 lô đất năm 1993, đến năm 2003 lại được cấp 1 lô khác nữa và đã nộp tiền sử dụng đất, sau đó cơ quan quản lý Nhà nước phát hiện được cấp 2 lô nên Nhà nước thu hồi lại lô đất năm 2003 (đã nộp tiền sử dụng đất và LPTB) như thế trường hợp này ông B có được thoái lại tiền hay không? Đây cũng đang là vấn đề nhiều người thắc mắc, bởi cơ quan thuế hoàn toàn thu đúng, song chỉ do ông B không được Nhà nước cho phépsử dụng lô đất cấp và đã nộp tiền.
Qua những điểm nêu trên thiết nghĩ Bộ Tài chính cần có Thông tư hướng dẫn cụ thể những trường hợp như thế nào thì được hoàn khoản thu đã nộp ngân sách Nhà nước, trường hợp nào thì không được hoàn; Ví dụ đối với thu các khoản thu về nhà, đất và các tài sản khác liên quan đến việc xét cấp giấy chứng nhận quyền sở hữu, quyền sử dụng cần quy định cụ thể chẳng hạn như: Trường hợp cơ quan thu các khoản thu NSNN sai, không đúng quy định hoặc đã thu, nộp NSNN các khoản thu của các đối tượng đúng quy định, nhưng vì lý do nào đó họ không đăng ký được quyền sở hữu, quyền sử dụng tài sản thì phải làm thủ tục thoái thu trong trường hợp này”.
TBTC 1/12/2004